保稅貨物通關的基本程序包括四個環(huán)節(jié)：合同備案－進口貨物－ －復運出口－核銷結案。

1合同登記備案。

是指經營保稅貨物的單位持有關批件、對外簽約的合同及其他有關單證，向主管海關申請辦理合同登記備案手續(xù)，海關核準后，簽發(fā)有關登記手冊。合同登記備案是向海關辦理的第一個手續(xù)，須在保稅貨物進口前辦妥，它是保稅業(yè)務的開始，也是經營者與海關建立承擔法律責任和履行監(jiān)管職責的法律關系的起點。

2 進口貨物。

是指已在海關辦理合同登記備案的保稅貨物實際進境時，經營單位或其代理人應持海關核發(fā)的該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向進境地海關申報，辦理進口手續(xù)。

3 儲存或加工后復運出口。

是指保稅貨物進境后，應儲于海關指定的場所或交付給海關核準的加工生產企業(yè)進行加工制造。在儲存期滿或加工產品后再復運出境。經營單位或其代理人應持該批保稅貨物的《登記手冊》及其他單證，向出境地海關申報辦理出口手續(xù)。

4 核銷結案。

是指在備案合同期滿或加工產品出口后的一定期限內，經營單位應持有關加工貿易登記手冊、進出口貨物報關單及其他有關資料，向合同備案海關辦理核銷手續(xù)，海關對保稅貨物的進口、儲存、加工、使用和出口情況進行核實并確定最終征免稅意見后，對該備案合同予以核銷結案。這一環(huán)節(jié)是保稅貨物整個通關程序的終點，意味著海關與經營單位之間的監(jiān)管法律關系的最終解除。