審單作業(yè)、物流監(jiān)控和職能管理三大系統既相互支持配合、又相互監(jiān)督制約，形成一個有機的整體，共同構筑新型海關管理模式。
　　審單作業(yè)系統是在各業(yè)務部門共同支持和參與下，包括計算機電子審單、審單中心專業(yè)化審單和隸屬海關現場接單審核在內的，既分工協作又相互制約的報關單證和數據處理系統。
　　物流監(jiān)控系統是以現代科技手段為依托，以貨物流為基礎，實行計算機數據底帳（信息流）與貨物流相互印證，對進出境運輸工具、監(jiān)管區(qū)域、監(jiān)管場所和海關監(jiān)管貨物實行全方位、全過程有效監(jiān)控的作業(yè)系統。
　　職能管理系統是以通關前的審批、注冊、備案、參數維護、風險布控，以及通關后對通關數據的綜合分析、效能評估、跟蹤稽查和監(jiān)督檢查為主要管理方式的業(yè)務運行管理系統。